角膜を覆っている角膜上皮に傷が付いてしまうと、その傷口から細菌やウィルスが侵入してしまい、いろんな症状を引き起こす原因になります。
角膜の上皮が完全に癒着し快復するまでの間に細菌が侵入し、感染症を起こす場合がありますが、術後の処置を怠らなければ殆どの場合起こりません。
その他で気をつけることは、当然のことながら、きちんとした衛生管理を行っているクリニックで手術を受けるということです。信頼のおける医療機関をきちんと選ぶことで避けることができると思います。
料金の安さだけでクリニックを選ぶのは危険です。